PENANDA MOLEKULER TEKNIK RAPD

 

BIOMARKERS (PENANDA MOLEKULER TEKNIK RAPD)

  Judul            : Polimorfisme Habanero (Cabai Gendot) dan Cabai rawit dengan Penanda RAPD         (Random Amplified Polymorphic DNA) Menggunakan Primer OPA-8

Penulis            : Eko Purnomo dan Rejeki Siti Ferniah

Jurnal             : Berkala Bioteknologi

Tahun              : April 2018 , Vol. 1, no. 1

Halaman          : 1-5

Resume :

Polimerase habanero (cabai gendot) dan cabai rawit dengan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Menggunakan Primer OPA-8. Habanero atau biasa dikenal dengan nama cabai gendot memiliki tingkat kepedasan yang lebih tinggi dibanding dengan cabai rawit. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui keragaman genetik dari sampel cabai gendot dan cabai rawit merah melalui analisis penanda RAPD. RAPD merupakan metode untuk mengidentifikasi polimorfisme DNA pada genom dan mampu menganalisis keragaman genetik dari tumbuhan dan mampu menyajikan pola hubungan kekerabatan dalam proses analisis genetik.  RAPD merupakan suatu metode yang cepat, efisien dan efektif. RAPD untuk penilaian variasi genetik didasarkan pada metode PCR melalui amplifikasi DNA genom dengan urutan nukleotida yang berubah-ubah.

Penelitian ini menggunakan Sampel daun cabai yang telah disterilisasi dengan berat 100 mg di isolasi DNA dengan Wizard Genomic DNA Purification Kit untuk memperoleh DNA murni tanpa tercampur dengan molekul lain dari tanaman cabai. Pembuatan koktail PCR yang terdiri dari DNA cetakan dibuat dengan mengencerkan DNA menjadi 25ng/μL, primer OPA 8 (5’ GTGACGTAGG 3’) dengan konsentrasi 100μM diencerkan menjadi 20μM, Koktail PCR untuk satu sampel dibuat dengan komposisi yaitu DNA cetakan sebanyak 3μL, 1,5μL primer, 12,5 μL PCR Mix Green dan 8,5μL nuclease-free water. setelah selesai pembuatan koktail kemudian diamplifikasikan dengan menggunakan Thermocycler dengan pengaturan 25 μL pada menu volume, tahap pra-denaturasi diatur 95ºC selama 3 menit, tahap denaturai diatur 94ºC selama 1 menit, tahap annealing diatur 40ºC selama 1 menit, tahap elongasi diatur 72ºC selama 2 menit, pengulangan tahap denaturai hingga elongasi 1 sebanyak 39x, tahap extention diatur 72ºC selama 5 menit. Hasil RAPD-PCR diamati dengan elektroforesis gel agarosa 1%. Analisis data dilakukan menggunakan perangkat lunak NTSYS. Pita DNA diubah ke dalam angka biner satu (1) dan nol (0) di dalam lembar kerja microsoft excel berdasarkan ada atau tidaknya pita. Selanjutnya data dipindah ke NTSYS dan dihitung indeks kesamaan antarsampel.

Hasil RAPD-PCR menggunakan primer OPA 8 menunjukkan adanya perbedaan pita DNA yang diperoleh. Perbedaan pita merupakan polimorfisme, yang diperoleh akibat adanya perbedaan tempat penempelan primer pada masing-masing genom tanaman. hasil visualisasi enam sampel DNA cabai yang telah di PCR menunjukkan hasil positif yaitu adanya pita DNA. Terdapat polimorfisme pita DNA sebesar 75% pada sampel uji dimana sampel cabai gendot dengan lambang CT dan cabai rawit dilambangkan dengan RM. Hasilnya menunjukkan sampel cabai CT dan CT1 memiliki pita DNA a dan c, sedangkan sampel CT2 memiliki pita DNA d, c dan a. Sampel cabai RM dan RM1 memilki pita DNA b dan d, sedangkan sampel RM2 memiliki pita DNA d. Sampel pita a,c,b terdapat polimorfisme artinya terdapat didapatkan 3 pita polimorfik dengan presentasi 75% dan 25% pita monomorfik DNA tingginya nilai presentase menunjukkan perbedaan yang signifikan antara sampel cabai gendot atau habanero dan cabai rawit. Sedangkan nilai indeks kesamaan yang didapatkan nilai 0.4 tingkat kesamaan hal ini menunjukkan bahwa tingkat keragamaan genetik cabai Gendot dan rawit merah tergolong rendah berdasar indeks kesamaan.